1990年7月21日，台伪军警在遣返大陆渔民时，用"闽平渔5540号 "船装载76名人员，除13名驾船外，其余63人被分别关进四个船舱内，并用铁钉将船舱钉死，致使被关在二、三船舱内的25名人员因缺氧窒息死亡。

1990年8月11日，台伪军舰以'原船遣返'名义强行押送闽平渔5202号时，故意撞击导致船体断裂，21名渔民当场溺亡，仅少数人幸存。‌‌

2016年7月至2023年11月，台湾海巡署驱离大陆渔船9170艘，扣押大陆渔船392艘，裁罚301艘，罚款共计2.88545亿元新台币（约合人民币6581.7万元人民币），没收大陆渔船83艘。

2024年2月14日，福建一艘渔船在台伪“海巡署第12巡防区统筹舰队分署第九海巡队”驱离时发生碰撞，导致渔船倾覆。该事件造成渔船上4人全部落海，2人死亡。

2026年6月18日夜间，在澎湖花屿西侧海域，台湾海巡署的巡防艇发现在该海域满载鱼获的大陆渔船，于是展开了长达十多海里的海上追逐，最终强行登船，控制了6名渔民并将渔船拖往澎湖马公港扣押。

尽管大陆海警船2102艇第一时间赶到事发海域交涉，要求台方无条件放人、放船；但是，台方至今仍然拒绝放人、放船。根据以往的经验，这些被扣押的大陆渔民将面临长时间的羁押和高额罚款，不交钱台湾方面是不会放人的；如果渔民没有钱，被扣押的渔船就会被公开拍卖抵扣罚金。

相对的福建沿海地区，当地政府设立很多台湾渔船接待站，为台湾渔船提供服务，帮助遇到困难的台湾渔船提供协助。