根据公开资料，小壕兔矿区的1号、2号、3号矿井在所属公司及上市情况上存在明显区分。具体情况如下：

1. 小壕兔一号矿、三号矿
* 所属公司：这两座矿井的探矿权归属于陕西煤业股份有限公司（股票代码：601225）。2022年，陕西煤业收购了神南矿业100%股权，从而获得了榆神矿区小壕兔一号、三号煤矿的探矿权。
* 是否在上市公司：是。这两座矿井的探矿权已经注入陕西煤业上市公司体内，属于上市公司的储备资源。

2. 小壕兔二号矿
* 所属公司：该矿井的探矿权归属于陕西能源小壕兔煤电有限公司，其全资控股股东为陕西投资集团有限公司（陕投集团）。
根据陕西能源在业绩说明会上的回应，其控股股东承诺在达到动工条件时，会将小壕兔煤矿注入上市公司，目前该煤矿正在积极推进前期的手续办理。

总结
* 小壕兔一号矿、三号矿：属于陕西煤业（601225），已在上市公司体内。
* 小壕兔二号矿：属于陕西能源（001286），目前正处于前期手续办理阶段，待达到动工条件后将注入该上市公司。