诛杀毛文龙

崇祯元年七月，袁崇焕进京面圣，当时“朝议忧毛文龙难驭。”——（《崇祯实录》卷1）

《闽中理学渊源考》卷76《宗伯林平養先生欲楫》载“怀宗立，升礼部尚书掌詹事，朝议诛毛文龙，力言不可，与阁忤，假归三载。召修实录”。就是因为他反对诛毛文龙，直接被假归三年。

毛文龙言“诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室。”（《明清史料》甲编，兵科抄出钦差平辽便宜行事挂征虏前锋将军印总兵官左军都督府左都督毛文龙奏本）

“而总兵毛文龙，据海自恣，种种不法，流传参劾，明知之而无可奈何。臣昨年过都下时，九卿诸臣无不以此为虑，臣谓徐图之。辅臣钱龙锡为此一事，低回过臣寓私商。臣曰：入其军，斩其帅，如古人作手，臣饶为也。”——《蓟辽督师题本》崇祯二年六月二十一日

朝廷上下都在忧毛文龙，都认为毛文龙罪在不赦，内阁辅臣钱龙锡亲自来到袁崇焕寓所洽谈方略。朝臣皆认为毛文龙通敌，袁崇焕说可用则用，不可用，则入其军斩其帅。 　　钱龙锡问：“子方略宜何如”。 　　袁崇焕答：“不外东江、宁两路进兵尔”。 　　钱龙锡又问：“舍宁实地而问海道，何也？” 　　袁崇焕对曰：“譬如弈然，局有四子，东江其一也。可，则用之；不可，则有以处之”。（《曝书亭集》卷64） 　　

谈及如何处置毛文龙，“屏去左右，低徊再四” 　　袁崇焕说“入其军，斩其帅，如古人作手，臣饶为也”。（《蓟辽督师袁崇焕题本》
而《崇祯实录》即说袁崇焕愿意当效提刀之力：“崇焕与王洽书，言「关东款议，庙堂主张已有其人。文龙能协心一意，自当无嫌无猜；否则，斩其首，崇焕当效提刀之力」。”——《崇祯实录》

遂以毛总兵官蓄意叛逆即密告袁都司(督师）杀之，我以告叛有功,升为副将职。《满文老档》
皇清开国方略：【宁远巡抚袁崇焕以文龙私通我国杀之】。
明袁崇焕以总兵毛文龙据南海应岛与我国私通,杀之。《东华录》

“使宁远闻知，又疑毛文龙交通我国，叫他自相猜疑，彼果中我反间之计，不待动兵，而我坐取胜矣”。（《明清档案存真选辑第三辑》，天聪二年十一月厢边红旗备御祝世胤俯陈末议奏本）

申悦道《朝天闻见事件启》崇祯元年十一月十六日也载：“闻袁军门题本以为毛帅反形已具，请及时剿灭”云。

崇祯二年五月初六
兵部呈于兵科抄出□□□□□□□□蓟辽天津登莱等处军务兵部尚书兼都察院右副都御史袁崇焕谨题：
臣愚，谓：………………盖□□毛文龙可用，但未有用文龙之人，是以文龙亦仅以□□□。臣今欲完□□需文龙急也，倘按国初马云、叶旺之故事，则河东尤为扼要。以正为奇，断不能舍此而别求胜算，臣所以亟亟于东江之策画，谓欲复辽土，先通辽□□□□□□□□，而不知者乃谓臣假以修怨于文龙。夫以疆事修怨□□□□□□□□□□事之难言也。