母亲的离世对伊丽莎白是沉重的打击，恰逢她即将临盆。一位当时的观察者写道：“我无法描述王后身着何等素色丧服，但我猜想，她效仿西西里王后玛格丽特（亨利六世的王后），一身蓝衣素服，如同当年玛格丽特的母亲离世时一般。”⁶⁷亨利七世颁布王室仪典法令，沿用英格兰古制，规定王室哀悼的专用颜色；蓝色是王后的正式丧服色⁶⁸，只有子女夭折时，王后才会穿戴传统的黑色丧服⁶⁹。

7月2日，伊丽莎白诞下第二个女儿，为纪念她的母亲与她本人，这名公主也取名伊丽莎白⁷⁰。墓志铭记载，这名公主容貌绝美。她在埃尔瑟姆宫的育婴室长大，与哥哥亨利、姐姐玛格丽特一同教养，乳母塞西莉亚·伯比奇负责照料她，年薪100先令（折合2500英镑）。负责摇摇篮的侍女每人年薪66先令8便士（折合1630英镑）。1493年9月的王室账目文书证实，王室的王子公主一同在埃尔瑟姆宫长大，文书专门拨付薪金，用于侍奉“我们至高无上的亨利王子、玛格丽特公主、伊丽莎白公主的一众仆从”。
亨利七世与斐迪南、伊莎贝拉、马克西米利安缔结的同盟，直接引发了英格兰与查理八世的战事。1492年10月初，亨利七世亲征法国，留下亚瑟王子坐镇威斯敏斯特，担任名义上的摄政。10月6日，亨利抵达加莱，与同盟联军一同围攻布洛涅。伊丽莎白独自留守埃尔瑟姆宫，抚养年幼的子女，深深思念远行的丈夫。她写下大量书信，言辞温柔恳切、情意绵绵，苦苦哀求亨利尽快归国。亨利最终决定撤围议和，11月3日在埃塔普勒与查理八世签订和约，伊丽莎白的家书，是促使他做出这个决定的重要原因之一⁷³。这足以说明，七年婚姻下来，王室夫妇的感情已经无比深厚，二人难以忍受分离。