晚更新世期間至新石器時代早期東亞大陸西南地區的“東亞人”具有更為複雜的遺傳學特徵，即當時的貴州與同時代的廣西和雲南地區一樣，於晚更新世期間也呈現出具有本地特點的東亞基底祖源成分或者“Xingyi_EN”來源，並且具有顯著且更為強勁的與北東亞羣體或者以博山和扁扁洞為建模代表的山東狩獵採集者之間的遺傳學親和力。之後，時間可以追溯到4.0kya至2.0kya期間的所謂新石器時代晚期與青銅時代期間，雲南中部祖源成分和北東亞的祖源成分雖然繼續影響著東亞大陸西南地區。但是，對於付巧妹團隊而言，測序結果顯示，直到青銅時代，西南地區的東亞人基因庫之中已經無法檢測到本地晚更新世以來以Xingyi_EN代表的東亞基底祖源成分。而來自新石器時代廣西和福建沿海人羣的額外基因流在歷史時期(1,100-300YBP)促進貴州和廣西居民之間的遺傳學同質性。換言之，苗瑤語族和侗台語族之間的遺傳學分化於此至少歷經500年。

總而言之，透過來自貴州3個考古學遺址所提取5個個體的aDNA樣本呈現的全基因組數據分析表明，至少於11,000ybp，東亞北部祖源成分在東亞大陸西南部地區呈現出區域異質性分佈模式，早於此前遺傳學家提出的這些遺傳學痕跡與農業發展相關的漢藏語族羣體擴張有關。而貴州畢節的老鴉洞考古學遺址和招果洞考古學遺址出土的石製品序列之中一些“small flake tool”工藝與華北晚更新世期間的細石葉加工工藝相似則被認為與華北狩獵採集者向南遷徙有關。即使先前報導稱，與新石器時代華北遺傳學成分相關的基因流大約在8,300ybp開始出現在福建沿海地區。