黄连汤其基本病机为寒热错杂，其基本证候是上热下寒证。其治法为清上温下，和胃降逆。因其能交通阴阳，恢复中焦升降之机，故亦可归于和解之方。其组方也可以归结于小柴胡汤的加减，如柯韵伯的《伤寒来苏集》中说到“此亦柴胡加减方也”。相同点：病机上都有寒热交错；症状上都能出现呕吐，腹痛；治法上均有调和气机、斡旋阴阳之意。药物组成均含有人参、半夏、甘草、大枣；其中黄连汤与半夏泻心汤还均含有黄连、干姜。不同点：半夏泻心汤之寒热互结于中焦，黄连汤之寒热居于上下，小柴胡汤之寒热在于表里。治法上，半夏泻心汤重在和胃而降逆，黄连汤重于清上温下，小柴胡汤重在宣透表里，和解少阳。药物组成亦有差别，半夏泻心汤以半夏为君，和胃涤痰，调和中焦。在泄热通降药上，比黄连汤多黄芩，比小柴胡汤多黄连，故重在于和降之力。黄连汤以黄连为君，以其苦寒之性清上部热邪。比半夏泻心汤多桂枝一味，王桂利认为黄连汤中桂枝一味用的恰到好处，使上下阳气汇通，阴阳相续；比小柴胡汤多一组药对黄连与干姜，意重于清上温下。