人脑首先是一个实体，它具有一切实体所具有的物理属性，因而人们可以在物理这个层次上去研究它。可是，人脑又是一个生理实体，人们也可以在生理这个层次上去研究它，例如神经生理学和神经语言学就是这样。但是在这个层次很难找到人与动物（包括高等动物）的本质差别，因而在这个层次上研究人脑，无法认识和解释人脑的特定属性，无法把人脑与动物脑从本质上区别开来。所以说，语言作为一种人类种属属性首先不会体现在这两个层次上（注：从科学研究的认识过程上讲，人们无法首先在生理神经层次上看到语言的实现，这不等于说语言实现的结构层次是这样的顺序）。

以人脑为最终研究对象的西方现代理论语言学便首先不会对人脑的生化物理属性感兴趣，而对与语言直接相关的人脑的“高级”层次——“语言认知层次”感兴趣。作为科学研究对象，生化物理层次上的人脑或人脑的生化物理属性则与语言认知层次上的人脑或人脑的语言认知属性不同。前者可凭借我们的认识工具，通过经验（实验、实证的方法直接观察，如通过对动物、病人及死者器官的解剖等）实证方法观察研究，而后者由于受人类道德及自身认识的限制则不能。另一方面也无法用研究生化物理属性的方法在语言认知层次上认识和研究人脑。这样，人脑作为理论语言学研究对象就成为不可能（至少现在和很久以后的将来）靠经验实证方法来认识的实体。

这就涉及到科学方法论上一个带有根本性的问题：人能不能认识无法在经验（包括实验室经验）中直接（包括通过科学仪器）观察到的东西？对于这个问题，人们实际上已经在许多重大的科学理论中作出了回答。在能不能的问题上，回答是肯定的。在如何认识和怎样才算认识的问题上，回答是建立理论模型的方法。

以人们业已认识了的原子为例。对于称作“原子”的这个实体，人们并没有办法“看见”，无论现代物理实验手段，观察认识工具多么发达，多么丰富，到目前为止（也许直到永远），人们不可能像看见病毒或DNA那样看见任何一种原子。那么，人们究竟是怎样发现原子这一物理实体，又是怎样确认它的存在的呢？

回答是靠一个关于什么是原子的抽象的理论模型或范式。这个关于什么是原子的理论模型是由许多原子属性的数据构成的，而各种数据又是靠仪表、仪器测定的。比如说，仪表A读出数据a，仪表B读出数据b，仪表C读出数据c等等。这些从仪表A、B、C读出的数据a、b、c等就构成了某一原子的模型。假如这个模型表达为〔a，b，c，…〕，那么当某物X作用于仪表A、B、C，给出数据a、b、c后被观察者所读出时，观察者才感知原子的存在，才“看见”了原子，找到了原子。

可以说，原子模型的建立先于原子实体的发现，对原子存在的确认先于原子的发现，没有原子模型的建立便无法找到和“看见”原子。在科学史上运用抽象理论模型法得到重大科学发现的一个例子是孟德尔和摩根的遗传学理论。孟德尔当年提出遗传基因论的时候，并没有真的看见基因物质的存在，而是在对豌豆遗传变体性状观察的基础上，抽象出一个模型，而后人们“按图索骥”，根据孟德尔和摩根提出的理论模型，在显微镜下辨认出了那种叫做DNA的东西。

西方现代理论语言学家认为他们现在所从事的事业就和孟德尔、摩根当年建立基因模型一样，在用同样的方法为人脑的认知系统建立一个抽象的理论模型。说他们的方法一样，可以从以下几个方面看出。

第一，孟德尔当年看不见现在看得见的那个主管豌豆植株属性的称作DNA的物质实体，语言学家们看不见主管人类语言属性的那个将来可能看得见的物理实体；

第二，孟德尔没有停留在对豌豆隔代植株间的差异和性状的观察描写上，而是要寻找植株变异的原因，从变异中找出豌豆的种属属性来；西方现代理论语言学家们没有停留在对语言间的差异和特性的观察和描写上，而是要在语言间的差异中找出人类语言的限制，从中认识确定人类语言的本质特征。

第三，孟德尔没有也不能直接观察豌豆的基因实体，而是观察研究与基因有关的表象特征，西方现代语言学家没有也不能直接观察人脑主司语言部分的真实性状，而是观察人脑的表象产物——语言中的句子。

第四，孟德尔没有观察研究豌豆的全部属性，而只是在理想化条件下集中在几个相关的属性上，从中找出各属性间的天然联系，建立起一个抽象的理论模型。西方现代理论语言学家没有观察研究人类所有语言的所有属性、所有人说过的和将要说的所有的句子，而是忽略语言使用者的个体差异，通过对某些与理论相关的语言事实观察研究，从中找出事实间的天然联系，建立一个抽象的理论模型。西方现代理论语言学家们希望能沿着孟德尔研究遗传基因的方法、道路为人脑提供一个同样具有理论意义的理论模型。

讲到这里，我们不由想起了中医的理论方法。在中医理论中，研究者并没有分析性地把人体打开，通过经验的直接观察的方法解释病理，而是在观察研究体征表象、症状及它们之间的相互关系，用推理的方法建立了一个系统，这个系统原本也是一个抽象的理论模型，只不过是最近人们才按照几千年人们画好了的那个经络图，找到了并看见了那个称作经络的实体。西方现代理论语言学家好像我们的古代医学家们，在为人脑的认知器官勾画一幅经络图。

——桂诗春、宁春岩《语言学方法论》