语言学理论分类本身是一个深刻的语言学理论问题，看法不同很自然，问题是应该有一个完整的鉴别和评价语言学派的语言学批评理论。这种语言学批评理论应该是由语言学的认识论基础、理论对象、理论方法、理论性质组成的统一的有机的理论批评系统，单从一个方面认定和评价语言学派可能有些简单轻率。

形式派和功能派的第一个差别表现在关于语言知识来源的认识论基础上和语言是否有生物属性上。所谓语言学研究的认识论基础集中表现在语言知识能力的获得或来源问题，表现在行为主义和心智主义的选择上。简单来说，表现在是否承认语言除了具有社会属性外还有生物学属性，而且认为生物学属性是第一位的。但语言的这种生物学遗传属性不同于视觉、记忆等一般认知的生物学或心理学属性，这就引出形式语言学所坚持的关于语言自治性的理论观点，也就同只承认语言学的社会属性、认为语言功能决定语言形态的功能学派区分开来。承认语言的生物学遗传属性但不研究这一属性的社会语言学和否认这一属性的社会语言学虽然都不能算作形式语言学派，但两者有很大的不同。前者可以看成是形式派的盟友，对语言的社会交际功能进行分类和描写，具有自身的研究价值；而后者却是形式派的论敌，因为在语言学是否具有生物学遗传属性上有科学上的真伪可言，要么形式派是对的，要么功能派是对的。如果形式派关于语言有生物遗传属性的观点是正确的，那么否认语言具有生物遗传属性的功能派的研究便是错误的，把语言形式归因为语言功能进而研究语言功能便是没有意义的。

其次，形式派和功能派的不同还表现在各自的理论对象上。形式派的理论对象是语言能力和物化这种能力的人脑语言系统，而并不是通常人们所说的那样，形式语言学研究的是语言形式，而功能派研究的是语言功能。这种认为形式派研究语言形式而功能派研究语言意义和功能的看法，第一，没有抓住形式派和功能派之间的本质差异，把许多即使研究语言形式但仍然属于功能派的（如认知语言学）语言学派排除在外；第二，形式语言学的研究对象绝不只是语言形式。

以形式派的典型代表生成语言学为例，从它产生发展到今天，一直把自己的研究目标规定为人脑的语言系统、人脑的语言能力或人类赖以获得语言能力的“语言习得机制”和反映语言生物学遗传属性的“普遍语法”。形式语言学中形式化符号演算系统给出两种形式化的表达式：语音式（PF）和逻辑式（LF）。其中逻辑式所表达的是关于句子语义的解释，即句子意义在人脑语言系统中可能的心智表征，是关于句子意义的最终结果。形式语言学中的“语义角色规范”、“论元结构”或“概念结构”、“语义选择”、“语义解释域”、“控制理论”以及关于句子语义前设、蕴涵等，无一不是关于句子意义的，也是功能的。在形式语言学中，即使是关于句子语音形式的解释的语音式，也不是句子语音形式的直接描写，而是人脑语音系统发出的特定声音的指令符号表征，其本质是音系学的而不是语音学的。形式语言学确实研究各种具体语言的语序，但是形式语言学对语序的研究不是孤立地描写句子语序，而是为具体语言语序找出普遍语法的原因以及同意义表征的对应关系。

可以说，生成语言学不但研究意义，而且研究得要比结构主义描写语法还要精细。不过因为人类认识水平的局限，现在还没有一个理想的形式语言学的方法能够明晰地推导出语言的篇章意义、会话意义、社会文化意义、政治意义，这也许是超出人类认识能力范围的事。用社会语言学的观点认识形式语言学与用形式语言学的观点认识社会文化现象一样都是不对的，各有各的研究对象，各有各要回答的问题，但是考查一种语言学理论的研究首先得搞清楚这种语言学理论要回答的究竟是什么问题，搞清其科学理论追求什么。形式语义则更不是关于语言形式的描写，这是不言而喻的。当然由于科学形式化的追求，形式语言学对意义的研究范围较小，大多数只局限于句子语法的范围，句外的交际意义、会话意义、社会文化意义等，对形式派来说首先不是要不要研究的问题，而是能不能研究出个子丑卯寅的问题。功能学派的研究对象是什么，用语言意义和功能之类的术语讲没有什么不对的，但回避语言学的认识论基础、理论对象、理论性质和理论方法问题，以此说形式派不研究意义，显然有些不妥。

——宁春岩《什么是生成语法》