生成语法，尤其是发展到今天的MP生物语言学，涉及到哲学和科学中的一些根本性问题。我们这里只讨论其中最经典的即所谓“归一性问题”。

首先应该看到，乔姆斯基虽然继承和发扬了笛卡尔的理性主义思想，但是他明确地扬弃了笛卡尔的“灵-肉”的二元论思想，认为包括人的语言能力在内的世界万物归根到底都是通过物质实现的，是鲜明的一元论者。这一点可以从他演讲时发生的一个小故事明显地看出来。

有一次，乔姆斯基在给一千多人讲生成语法中的一些观点，听众中有好多教外语的老师，其中有一位老师问乔姆斯基，有没有可能制造出一种药片（真正意义上的药片），一个不会西班牙语但想学西班牙语的人吃了这种药片，结果他就会说西班牙语了。乔姆斯基的回答是，理论上完全可能，问题是有没有制造这种药片的技术。

乔姆斯基的回答包含着这么几层意思：会说西班牙语的能力是通过人脑这块物质来实现的，因此对应于人脑的一种特定物质状态。如果我们能制造出一种物质的药片，那个想学西班牙语的人服用了这种药片，药力发作使他的大脑物质状态发生变化，变成了和会西班牙语的人的大脑一样的物质状态，他当然也就会说西班牙语了。问题是，这个药片怎么造的？这个故事说明，包括思想意识在内的语言能力最终归一到人脑的物质上。失语症及其他病理性的语言障碍实例也说明语言的物质归一性。

但是，说A归一到B首先蕴涵着A和B不同。说精神归一于物质，就意味着精神和物质有区别。那么，说精神和物质不同，这不又有二元论之嫌了吗？怎么看待这个两难的问题呢？

自然是一个“连续体”，本身就是一个“一”。自然本身并没有分成一块块，规定这一块是化学，让化学家来研究，那一块是物理，让物理学家来研究。所谓化学就是从化学的角度，用化学的认识工具认识到的那部分自然；所谓物理就是从物理的角度，用物理的认识工具认识到的那部分自然。如果我们在量子、原子、电子的层次上，用粒子学的认识工具——“眼镜”来看世界，这个世界便到处都是量子、原子、电子，分不出美女和野兽，分不出鲜花和牛粪。如果我们在分子层次上，用分子学的认识工具——“眼镜”看自然世界，就再也看不到什么量子、原子、电子了，而是大小不同的分子。化学世界和物理世界的界限在哪里呢？量子、原电子、分子哪些是化学研究对象，哪些是物理学研究对象呢？量子物理、量子化学还有分别吗？

同理，语言到底属于“心智”这个精神世界还是“大脑”这个物质世界呢？问题的答案取决于我们的认识层次和认识工具。在目前的认识水平上，我们有一些认识“心智”这个精神意识世界的理论工具，比如论元结构、语义角色、押韵、元音和谐等感知和意义工具，也有关于意义加工脑区的实证工具（ERP脑事件相关电位仪、fMRI核磁共振仪等）。但这些就像我们用手这个感觉工具感知杯中水的热，在一个层次；用温度计这个形式工具认识杯中水的温度，在另外一个层次；用热力学理论工具看到的是杯中水的运动，这又是一个层次。但无论从什么层次上看，那杯水还是那杯水。

——宁春岩《什么是生成语法》