U-20联赛第二阶段将在6月13号到8月16号进行，晋级的24队将分成A、B、C、D四个级别，每个级别6队（如图所示）。
第一阶段成绩，各队在扣除与小组第六的成绩后，按照积分、净胜球、进球数进行排序，其中第一名赋28分，第二名赋27分，第三名赋26分……第28名赋1分，两个循环赛的赋分累加，就是如今的分级别名单，最终温州B队携手3支业余球队被淘汰出局，2支业余球队晋级。
第二阶段，A、B级别球队将进行主客场、双循环的10轮比拼；C、D级进行赛会制、单循环的5轮比赛，决出本阶段排名。循环赛后，A级第六名与B级第一名、B级第六名与C级第一名将进行“单场定胜负”的升降级比赛，C级第六名与D级第一名直接交换级别位置。
按照新的级别名单，24队将进行第三阶段的比赛，各级别赛制与第二阶段完全一致，升降级规则也一样，最终决出各队排名，排名将影响下个赛季的分组。
第二、三阶段的冠军将进行一场决赛，胜者获得U-20联赛冠军，如果两个阶段的冠军属于同一支球队，则直接夺冠。赛事冠军将拥有0.5个升级中乙的资格，将于中冠联赛第四名进行大决战，胜者升到中乙。当然，上海海港、山东泰山、武汉三镇已经有B队征战中乙了，目前参赛的属于C队，因此这三队将没有升级资格，其球队都可以争夺。
按照赛制，C、D级的球队肯定无法争冠，第二阶段B级的榜首球队可以在第三阶段去A级争夺第一名，因此B级、A级里的除了泰山、海港之外其余10队都有希望冲击中乙。