从1647年起，四川、贵州两省处于军阀割据自雄的局面。大西军在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇率领下迅速南撤，三月间已经进入云南。清军方面，肃亲王在正月间驻于合川，委任明朝降将王遵坦为四川巡抚。当时南明四川巡抚马乾扼守内江，豪格命王遵坦对他进行招降，马乾回信说：“某为大臣，义无降理。古人有言，封疆之臣应死封疆，此正某毕命之时也。”二月，内江被清军占领，马乾不屈而死在大西军和清军主力转移以后，四川、贵州大部分地区实际上处于分裂割据状态。南明自弘光朝廷以来虽然任命了阁部、总督、巡抚之类的高级官员，大抵仅拥虚名，实权分别掌握在盘踞各地的军阀手里，他们当中的许多人只知互相争权夺利，不能组成一支统一的队伍，利用清军势单力薄的机会收复全川。其中主要的人物有：
杨展，四川嘉定（今乐山）人，明崇祯十二年武进士，任职参将。大西军入川后他一度被俘，逃出后在叙州（今宜宾）拼凑了一支军队，1646年进抵嘉定、峨眉一带。在兵荒马乱、哀鸿遍野的情况下，杨展能够注重恢复生产，“遣使告籴黔楚，自绅士以下至弟子生员皆给资，农民予牛种，使择地而耕，愿从戎者补伍，百工杂流各以艺就养，孤贫无告者廪之”

王祥，原为明朝参将，大西军占领四川时他收集了部分残兵盘踞于遵义地区。1647年六月，他趁清军北返出兵入川，前锋总兵王命臣一直推进到顺庆府（府治在南充）。为了扩张自己的势力，他不惜竭泽而渔地榨取地方残存黎民。例如在顺庆府，“其始也，每家给免死牌一张，需银若干两；其继也，每牛给牛票一张，需银若干两。未几，而牵其牛，掠其人，掘其粮，焚其室。胥西南之民而兵之，朝而负耒，夕而荷戈矣”

于大海、李占春，原为曾英部将，拜曾英为义父。这时，老营屯于涪州（今涪陵）西平坝，控制着涪州、长寿、垫江三州县。
侯永锡，原明军偏裨，据守永宁（今叙永）。

马应试，原明朝泸州卫指挥佥事，任游击，据守泸州地区，大肆搜杀焚掠，“江安、纳溪、九姓（九姓司在今泸州市）等处俱遭蹂躏”

谭文、谭诣、谭弘号称“三谭”，原为忠州卫世袭卫官，驻于忠州（今忠县）、万县、夔州（奉节）一带。

摇、黄各部原为农民起义队伍，后来同当地官、匪纠结，变成一种不伦不类的武装，初期活动于四川东北部地区。各部互不统属，号称“摇黄十三家”，首领人物有争天王袁韬、逼反王刘惟明、震天王白蛟龙、行十万呼九思、二哨杨秉胤、黄鹞子景可勤、整齐王张显等。

贵州有总兵皮熊等。1647年三月孙可望等率领大西军余部离开贵阳前往云南，皮熊即领兵乘虚而入，从平越（今贵州福泉）“收复”贵阳。

以上就是1647年清朝豪格统军回京后川、黔各部活动地区的大致情况。实际上这些军阀，为了扩充地盘或者由于驻地缺粮经常移动。

南明朝廷自弘光时已任命原大学士王应熊为督师阁部，樊一蘅为川陕总督，马乾为四川巡抚。1647年王应熊病死。