Cell丨肿瘤内微生物研究再次大打折扣——肿瘤微生物组的真实分布与多界生命景观
撰文丨易
长期以来，微生物被认为是肿瘤微环境的重要组成部分，但关于其在各种癌症类型中普遍存在的程度，研究结论相互矛盾。
此前利用大规模肿瘤测序数据集（如TCGA、UK 100kGP）进行的泛癌调查，因存在序列错误分类、样本污染、批次效应和缺乏阴性对照等问题，导致对肿瘤内真实微生物群落的存在、分布和特异性产生了显著不确定性。
虽然已有明确证据表明某些微生物（如HPV、EBV、幽门螺杆菌、具核梭杆菌）与特定部位的癌症（如头颈部癌、胃癌、结直肠癌）密切相关，但关于非屏障组织部位（如脑、乳腺等）癌症是否存在微生物定植，学界仍无定论。
因此，迫切需要一种更严谨、强大的方法来区分真正的肿瘤相关微生物信号与假阳性结果，从而为癌症微生物组提供一个高分辨率、可靠的图谱。
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近日，美国丹娜—法伯癌症研究所Matthew Meyerson和Anders B. Dohlman在Cell期刊上发表题为Biodiversity and biogeography of the multi-kingdom cancer microbiome的研究论文，通过开发高精度的宿主序列扣除与去污染分析流程，对大规模肿瘤基因组数据进行分析，发现在严格去污染后，大多数癌症类型缺乏可检测的特异性微生物组，但口腔消化道肿瘤中存在复杂多样的多界微生物群落，并且其定植水平与肿瘤突变负荷显著正相关。
研究通过层层递进的方法，从建立高置信度的检测工具开始，到绘制去污染的微生物分布图谱，最终将肿瘤微生物组的定植模式与一个根本性的肿瘤特征——体细胞突变负荷联系起来，为理解肿瘤微环境中宿主与微生物的相互作用提供了全新的、机制性的重要见解。
