黄兴接任南京留守，背后还有一个更深的考量：他要用这个位置，做一件在整个民国政坛几乎没有人愿意做的事——把革命军变成国民军。这件事真做起来难如登天。
辛亥革命期间，各地响应起义的军队，成分极为复杂。有新军，有民团，有会党武装，有临时拉来的壮丁，甚至有收编过来的土匪。这些人是靠“推翻清廷”这面旗帜聚在一起的。清廷倒了，旗帜失去了。原来的意义，军队靠什么维系？靠军饷，而南京留守府此刻库房里，几乎没有银子。
黄兴到任后，面对的第一个局面是：十几万军队，三个月没有饷银，士气极度低落。黄兴想尽一切办法筹款——向上海商界借贷，向海外华侨募捐，向已经迁往北京的临时政府追索。每筹到一批，赶紧分发下去，以最快速度平复军中的躁动。
同时，他开始强力推行裁军。其时，这是极不讨好的举动。手握兵权的将领，没有一个愿意被裁。军队，是乱世里的资本，谁肯把自己的本钱交出去？