上师瑜伽包含有外、内、密三种修持方式。外的修持是以祈祷的方式修持，只需要把自己观成金刚瑜伽母，把上师观成莲师，就像莲师心咒字面上的意义一样，祈祷金刚上师莲花生大师请赐予我身语意的加持，以这样简单的方式祈请赐予我加持，这是外的上师瑜伽的修持。内在的修持是我们所看到、所听到、所念到的都与上师不离，我们所看到的地方要观成钨金刹土（上师的坛城），我们所听到的都变成莲师心咒的声音或上师的声音。我们的念头无论是妄念还是其他，都观想成上师慈悲的意念，这是内在上师瑜伽的修持。密在的修持是最后上师与自身无二无别，上师所有的加持与自己得到的同时，跟上师了悟虚空中，又照射出一种金色的形象。这是一种最终究的境界，而且是大圆满的境界，这是密在上师瑜伽的修持。
对于初学者修持上师瑜伽，外在的修持和内在的修持比较适合。密在的修持我们还没有对密法，在信心上和大圆满诀窍上没有学习到或没有做好准备时不要去修，而我们能做到的去修去观就好。

——三世敦珠法王