683 年，武则天欲前往洛阳，让小官魏元忠负责沿途护卫。魏元忠叫苦不迭，觉得这是要命的差事。走投无路时，他在天牢遇到一个囚犯，交谈后大笑：“天不亡我！”
魏元忠身为监察御史，掌管天牢。那天他去天牢，本是破罐子破摔，想看看以后可能住的地方，没想到撞上了这位能人。武则天只给他五千羽林卫，可沿途山贼土匪上万。魏元忠越算越慌，直到看到那壮汉在牢里训人，囚犯们都不敢出声，他才反应过来，这人能镇住洛阳各路势力。于是他以官职为筹码，把壮汉请出牢，让他骑马开道。
魏元忠出色完成了护卫任务。其实，武则天安排此事，不只是让他送人到洛阳。当时她打算废掉唐中宗李显，自己临朝称制，朝中定会有人反对甚至起兵，她需要军事人才。魏元忠通过了考验。
不久，李敬业在扬州举兵，打着匡扶李唐的旗号，声势浩大。魏元忠奉命平叛，在他的配合指挥下，叛乱很快平定。此后，他在朝中站稳脚跟，一路升迁，最终成为宰相。
武则天晚年，男宠张易之、张昌宗把持朝政，武氏宗亲都得低头。魏元忠极为反感，多次公开与二人交锋。张易之和张昌宗怀恨在心，罗织罪名，说魏元忠私下讲 “太后年迈，不如早日投靠太子”，这可是动摇武周根基的死罪。
为了坐实罪名，二张威逼利诱凤阁舍人张说上朝作伪证。703 年，武则天亲自主持审问，满朝文武都在。魏元忠当庭否认，二张请出张说。就在众人以为张说会按计划作证时，他却说出实情，指出是二张授意捏造。
二张计划落空，可武则天未重罚宠臣。最终，魏元忠被贬到高要县，张说被流放岭南。
705 年，神龙政变爆发，张柬之等人诛杀二张，武则天退位，唐中宗李显复辟，魏元忠回京，被拜为兵部尚书、同中书门下三品，封齐国公。
然而，朝堂并未平静。李显懦弱，韦皇后与武三思结盟，清洗神龙政变的功臣。魏元忠不肯依附，707 年，韦后一党以他 “未能积极平叛” 为由进谗言。暮年的魏元忠再度被贬，这次是去思州务川，路途遥远，山路艰险。