而且自然拼读只能解码70%左右的词汇，大量常用词其实无法用自然拼读解码。

英语的拼写与发音之间缺乏一一对应的关系，同一个音素可能对应多种不同的字母组合（例如：/f/ 可以拼写为 f、ff、ph、gh）。由于这种不规则性，自然拼读的“规则”往往有很多例外。例如，论文引用了Clymer（1966）的研究，指出常见的自然拼读规则（如“两个元音一起走，第一个元音发长音”）在实际单词中的适用率可能低至45%。

台湾小学英语教材分析显示，教材中教授的自然拼读规则仅能覆盖“1200个基础词汇”中部分单词的发音，且不同教材的覆盖率差异很大（最低21.3%，最高41.3%）。这意味着大部分单词无法通过已学的规则准确解码。

发音准确性：学习者即使应用自然拼读规则，也可能无法正确读出不规则词（如“enough”中的 gh 发音为 /f/）。

拼写困难：不规则词增加了拼写难度，学习者可能过度依赖视觉记忆或字母名称重复等非自然拼读策略。

认知负荷：解码不规则词需要更多的认知努力，可能干扰对文本意义的理解（Wyse, 2000）。

学习动机：频繁遇到不规则词可能导致学习者感到沮丧，降低阅读兴趣和自信心（Krashen, 2002）。

对于英语为外语的学习者（如台湾学生），不规则词的影响更为显著。因为他们缺乏母语者已有的口语词汇基础，无法通过语义或句法线索自我纠正发音错误。