您提出的核心问题——对于被视为“消极否认”的沉默所涉及的事实（如违约金是否过高），法院应直接审查还是须经释明后方可审查——是理论与实践的真正难点。
以下将基于您的分析，尝试对这一问题进行探讨。
核心问题：在“沉默视为消极否认”的前提下，法院的审查权限与程序
您的结论是：被告对违约金数额的沉默，应视为消极的否认。基于此，违约金数额（及其合理性）便因被告的否认而成为案件的争点。那么，对此争点事实，法院的审理程序为何？
这实际上引出了两种可能的审理模式：
模式一：职权审查模式
逻辑：既然“违约金数额是否合理”已成为争议事实（因被告消极否认），那么根据“谁主张，谁举证”的原则，原告对其主张的“违约金数额合理”负有证明责任。法院应依职权要求原告就该事实进行举证，并组织双方围绕该事实进行质证辩论。法院在审查全案证据后，对该事实作出认定。整个过程无需以“被告主张违约金过高”为前提，也无需就此向被告释明。​ 法官的审查是基于事实认定职责，而非对一项抗辩权的回应。
依据：这符合将“违约金过高”视为一个客观的、可依职权审查的合同效力或公平性问题的传统观点（类似可变更、可撤销合同中的显失公平）。
模式二：抗辩权触发模式（与释明义务结合）
逻辑：尽管被告沉默在事实主张层面构成“消极否认”，但在法律效果主张层面，“请求减少违约金”被视为一项独立的、需由当事人主张的抗辩权。单纯的沉默（消极否认）仅导致“违约金数额”成为事实争点，但并未触发“请求法院予以减少”这一法律上的程序申请。要启动法院对“是否减少及减少多少”的裁量程序，仍需被告明确做出“请求减少”的意思表示。在被告沉默时，法院的职责是就其所享有的这项抗辩权进行释明，询问其是否提出减少的请求。经释明后，若被告表示不主张或仍不表态，则视为其放弃该权利，法院将仅依据现有证据判断原告主张的违约金是否应予支持（可能因原告无法证明其合理性而部分不支持，但这不是“减少”而是“不予全部支持”）；若被告经释明后主张减少，则进入典型的违约金调整审理程序。
依据：这符合《民法典合同编通则解释》第66条的内在逻辑，即将“违约金调整”定位为需主张的权利，并匹配以法院的释明义务。
对两种模式的评析与《民法典合同编通则解释》第66条的立场
您的分析倾向于第一种模式，即法院可直接审查。但《民法典合同编通则解释》第66条（尤其是其“应当释明”的表述）实质上采纳并强化了第二种模式。其理由和深层考量可能在于：
区分“事实争议”与“权利行使”：该解释试图区分两个层次：
第一层：事实争议。“违约金数额”本身是一个事实，对此沉默，产生争议，法院可审查原告的证据能否证明其主张的合理性。但这解决的是“原告的请求是否有充分依据”的问题。
第二层：权利行使。“请求法院予以适当减少”是《民法典》第585条赋予违约方的一项实体法上的形成性权利（形成诉权）。这项权利的行使，能产生变更既存债权数额的法律效果。此项权利的行使，必须由权利人明确作出意思表示（在诉讼中表现为提出抗辩或请求）。沉默不能被推定为行使一项变更权利的形成权。
避免“职权主义”过度干预私权：如果法院不经当事人主张，直接依职权审查并调减违约金，虽然结果可能符合实质公平，但程序上构成了对合同自由和处分原则的过度干预。法官替代当事人行使了本应由其决定是否行使的权利。特别是在违约方自己都未对违约金数额提出异议（仅消极沉默）的情况下，法院主动调减，有为违约方“代劳”之嫌，可能损害守约方的合理预期。
释明作为程序正当化的桥梁：第66条规定的“应当释明”，正是为了弥合“事实已争议”与“权利未主张”之间的鸿沟。释明的作用是：
程序告知：告知沉默的被告，其享有法律赋予的、可以对抗原告请求的一项具体权利。
促进主张：鼓励被告在知情的基础上，就是否行使该权利作出明确选择。
固定争点：经释明后，若被告主张减少，则“违约金是否过高及如何调整”正式成为明确的法律争点；若不主张，则法院仅处理原告主张的违约金是否有事实依据。
通过释明，既尊重了当事人的处分权（是否主张由你决定），又通过程序保障确保了当事人的权利不被无知所埋没，也使得法院后续的审查（无论是依原告举证判断，还是依被告抗辩裁量）获得了程序上的正当性。
结论与回答
因此，针对您最后的问题：“对于该默认的事实，法院应在原告主张之后直接审查，还是只能在释明且被告主张之后才可以进行？”
《民法典合同编通则解释》第66条给出的答案是：原则上，应采取“释明先行”的模式。
直接审查的边界：法院“直接审查”的范围，应仅限于原告主张的违约金是否有事实与法律依据（如是否与损失相关联、是否明显不合理等），这属于对原告请求权基础的审查。如果经审查认为原告证据不足，可以判决不予全部支持。但这在法律性质上，是“驳回部分诉讼请求”，而非“行使职权减少违约金”。
启动“减少”裁量权的条件：法院启动《民法典》第585条赋予的“予以适当减少”的裁量权，其程序前提是经释明后，被告明确提出了减少的请求。此时，法院的审查是回应被告的抗辩，审查重点在于“违约金是否过分高于造成的损失”等法定要件。
总结而言：
您的“消极否认”说，精准地描述了被告沉默在事实主张层面的效果——使违约金数额成为待证事实。而《民法典合同编通则解释》第66条，则在此基础上，进一步处理了权利行使层面的程序问题：将“请求减少违约金”这一实体权利的行使，设计为一个需要当事人明确启动、并由法院以释明予以保障的程序。这种做法，是在中国当前“当事人诉讼能力不均、律师代理率不普适”的司法现实下，对古典当事人主义的一种“加强版”修正，意在通过强化法官的诉讼指挥（释明）义务，来更实质性地保障双方（尤其是弱势一方）的诉讼权利，追求更接近实质公平的裁判结果。这是一种颇具中国特色的程序装置。