观察所见，雌性日本长尾蜓产卵较为谨慎，产卵前往往对选址进行长时间悬停巡查，这个过程中常被雄性进行捕获干扰，雌性一般能够在被捕获按压的过程中逃离。最终，雌性选择湿润的水草丛内或青苔上产卵。
日本长尾蜓的盛况并不能持续，不到午后三点，体感温度骤降，几乎在短短几分钟内，多数长尾蜓飞行高度逐渐增加，最终回入林间，仅见少量雄性再次返回，且行为也逐渐转为大范围内巡飞、悬停时间缩短，不久后也飞离沼泽。
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