來自台灣的台中市北區的“中國醫藥大學”附屬醫院的醫學研究部的葛應欽研究團隊於2025年8月7日在國際期刊《Journal of Human Genetics》發佈一篇屬於付費閱讀的研究報告，即“Genetic insights into the origin, admixture, and migration of the early Austronesian peoples”基於考古學和之前發佈的aDNA樣本所提供的遺傳學數據推斷出南島語族羣體大約6.0kya出現在台灣或者周遭，以及之後的島嶼東南亞和遠太平洋地區。研究團隊透過運用線粒體標記、Y染色體單倍羣和全基因組測序數據來重建前南島語族羣體和核心南島語族羣體的譜係系統發育模式和相關系統學地理分佈。最終揭示所謂“雙層假說”與事實不符，即南島語族的祖先既不是起源於島嶼東南亞，也不是直接從中國大陸遷徙到菲律賓的(東亞大陸移民)。

事實上，最新的遺傳學證據顯示前南島語族羣體(Pre-Austronesians)可能起源於新石器時代早期(>10Kya)的中國東南沿海以福建為中心的地區，早期他們以海洋捕撈為生，額外也進行狩獵採集。不過，他們後來與一些來自山東的“Ancient Northern Chinese”混合，並且引入粟稻的混種耕作的農業模式；至此，大約7.0-10Kya期間似乎於此形成原始南島語族羣體(Proto-Austronesian people)。之後，大約4.0-7.0Kya期間，早期南島語族羣體(Early Austronesians)逐漸演化並於6.0kya遷徙至台灣，緊接著他們由於大約4.1kya由菲律賓擴散至島嶼東南亞、佔城、泰國南部、馬達加斯加和遠大洋洲地區。其中，需要關注的是，現代南島語族羣體的遺傳學概貌之中第二個重要基因流輸入源自南亞語族羣體的祖先，後者起源於新石器時代早期的中國南方(Southern China)，並且他們在新石器時代晚期經由大陸東南亞和馬來半島遷徙至島嶼東南亞地區。毫無疑問，他們與來自台灣的核心南島語族羣體(Core Austronesian Speakers)混合，最終演變為現代南島語族羣體，並擴展至遠大洋洲地區。即使相當晚近期間，一些島嶼東南亞的南島語族羣體與來自南亞的新移民進行混合。具體而言，基於語言學和考古學證據的大量發現同樣也支持最早南島語族羣體的源頭和相關史前遺傳學演變的途徑。

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