非洲黑人内部的基因差异，比白人与黑人之间的基因差异还要大得多。

这是因为人类起源于非洲，非洲是人类基因多样性最丰富的地区，而其他地区的人类是由一小部分走出非洲的人群繁衍而来，受奠基人效应影响，基因相似度较高。

一般来说，从基因层面可以将非洲黑人分为以下四种主要类型：

苏丹尼格罗人：是典型的黑人，肤色最黑，头发卷曲，体毛少，鼻子偏平，鼻孔较大，嘴唇厚，上唇翘起，额部突出较明显。他们主要分布在苏丹等地区，以乍得湖为界，又可分为东苏丹人和西苏丹人，东苏丹人身材高大、躯干瘦削，西苏丹人身材相对较矮。

班图尼格罗人：是非洲分布最广的黑人族群，肤色呈浅灰黑或浅肉桂色，额部不太突出，鼻翼较高较直，嘴唇不太厚。在过去的两千年中，他们从起源地不断向非洲各处迁徙，在非洲中部和南部广泛分布，如祖鲁人、茨瓦纳人等都属于班图尼格罗人。

科伊桑人：是非洲古老的民族，为赤道人种的一个古老支系，发源于西南非卡拉哈里沙漠北部与赞比西河之间地带。他们肤色较浅，呈黄褐色，面部扁平多皱，颧骨突出，眼睛细小，身材矮小，成人平均身高仅145-150厘米。科伊桑人包括以游牧生活的科伊科伊人，旧称霍屯督人，和以狩猎采集为生的桑人，旧称布须曼人。

俾格米人：是生活在中非、刚果等热带雨林中的一个特殊族群，他们身材矮小，平均身高在1.3米到1.4米之间，头部较大、腿部较短，皮肤颜色比黑人浅一些，头发卷曲程度没有黑人那么深，肚子很大。俾格米人发育速度快，通常8到10岁生理机能就完全发育成熟。