欧亚大陆古代人类病原体的时空分布
#考古# 纵观历史，传染病在整个人类历史中对人口造成了毁灭性影响，但关于其起源和历史动态的诸多关键问题仍未解答。为了绘制一个基于考古基因组学的人类病原体时空分布图，研究者筛查了1313个古代人体遗骸的宏基因组测序数据，覆盖了过去3.7万年的欧亚大陆历史。如此庞大的样本量帮助研究者将多种疾病的最早发生时间向前推进，更使得以百年为单位追溯流行病的演变过程成为可能。
研究发现了广泛存在的古代细菌、病毒和寄生虫DNA，共识别出5486个针对来自136个属的492个物种的individual hits，其中3384个hits属于已知人类病原体，其中许多此前尚未在古人类遗骸中被识别。
研究者根据微生物的可能宿主和传播方式对这些古代微生物种类进行分类，发现大多数类别在整个采样时间段内均有记录。而人畜共患病原体仅在约6500年前开始出现，并在约5000年前达到高峰，这一时间与人类开始驯化家畜的时间相比有非常大的滞后性（距今约1.1万年黄牛、绵羊、山羊、猪等已被驯化，按理来说，当时人类与动物密切接触，病原体或许就能实现跨物种传播）。
更令人惊讶的是，这些致命疫病的病原体最初侵袭的并非早期农耕群体，而是欧亚大陆上的游牧民。例如，鼠疫最早的三个病例发生在距今之前约 5,700-5,300 年，分布范围很广，从俄罗斯西部（NEO168,583-5,322 cal. BP），到中亚（BOT2016,5,582-5,318 cal. BP）和贝加尔湖 地区（DA342,5,745-5,474 cal. BP），这种广泛的检测范围挑战了之前的解释，即早期鼠疫菌株仅代表孤立的人畜共患溢出效应。
研究还表明，在距今5000年前后，这些病原体的传播大幅加剧，与来自欧亚大草原的游牧民族迁徙同步。

这项研究表明，基因组古流行病学的新兴领域如何能够创建数千年来各种人类病原体的空间和时间分布图。随着更多古代标本的调查，这张地图将不断发展，我们将其分布与遗传、考古和环境数据相匹配的能力也将得到发展。目前的地图显示了明确的证据，表明全新世生活方式的改变导致了流行病学转变，导致人畜共患传染病的负担更大。这种转变在几千年来深刻地影响了人类的健康和历史，并一直持续到今天。
图1 研究样本的时空分布和遗址背景。图 2 检测到的古代微生物 DNA 的概述和特征。图3 部分古代病原体的时空分布。

详见 Sikora, M., Canteri, E., Fernandez-Guerra, A. et al. The spatiotemporal distribution of human pathogens in ancient Eurasia. Nature (2025). http://t.cn/A6kkPrFQ