最為重要的是，在12世紀，以及13世紀初，該地區是擊敗塞爾柱帝國而崛起的花剌子模帝國的一部分，不過1220年之後，由於成吉思汗主導的第一次西征，這裡處於金帳汗國的統治且延續至16世紀初。期間，成吉思汗兒子朮赤的次子拔都和後裔統領白帳汗國的長子斡兒答將土庫曼人分為兩個羣體:Sainkhani(拔都的土庫曼部落)和Essenkhani(鄂爾達的土庫曼部落)。在隨後的幾個世紀之中，土庫曼部落沿著里海東部海岸和花剌子模西北地區擴張。直到1502年金帳汗國崩潰，以及 1500-1510年代撒馬爾罕的“烏茲別克人”征服花剌子模之後到20世紀初期，土庫曼人一直是希瓦汗國的一部分。