每一次公交整合都不是平稳的，2008年3月扬州公交收购金源巴士导致数条线路停运罢工，总经理被职工围堵，公交公司抽调人员车辆进行替补，收回7条线路，车辆129台，收编162人，稳住局势；2014年1月在收购时代公交过程中同样出现数条线路集体停运，后收回线路14条，车辆248辆，人员417人，稳住局势……

2004年，扬州公交开通首条空调专线26路线，此后4路、20路、12路3条空调专线相继开通，票价为2元。当时空调车出现后，群众也有意见，认为2元票价太贵，后来公交公司采用“混搭”的形式，在线路中加入普通车辆，一开始，群众专门等普通公交车。

2007年元月19日，扬州时代广场举行的扬州双层公交开通仪式，第二批共有10辆双层公交。

2006年11月28日，扬州“一卡通”正式投入使用，为掌握这一智能化设备使用，公交公司多次组织员工学习和培训。

2005年3月18日，扬汽与邗江公交进行资源整合成立扬州时代公交有限公司，扬汽将邗江公交原有农工班车全部买过来，注册资金10300万元，成立股份有限公司，邗江汽车运输公司占19.8%的股份，扬汽占股80.2%。这是扬州市第二家公交公司，自此公交市场三国鼎立时代到来，随即扬汽投入3000万对旧中巴进行更换。

2005年扬州公交改革之前的“公交战国”时代，初步统计，营运的中巴车有200多辆，经营线路有10多条，其中经营企业14家，个体业户36户，由于多家混合经营等多方面的弊端，造成了中巴车车况的脏乱差，以及不文明、不规范经营行为的出现。

2008年，扬州公交在政府的支持下筹资3000万元（其中：政府拨款2000万元、企业自筹1000万元），收购了民营公交企业----扬州市金源巴士公司所属农村公交线路9条（303路、306路、307路、308路、313路、315路、318路、303路晚班、307晚间），车辆129台。至此金源巴士公司已经为线路营运投入资金约3000万元，并为社会提供了400多个就业岗位。

2005年2月18日，以社会资本为主体建立的扬州金源巴士有限公司正式挂牌，主要是在一些经营业主、个体挂靠户的基础上，成立的股份制性质的民营企业。承担5条公交线路的营运，投资600余万元购买了43辆新型环保公交车辆投入运营，这是扬州第三家公交公司，开启了扬州“公交三国”时代，迈出了公交改革步伐 。

扬州公交儿童座椅的变化：2010年5月公交公司为车辆装上“宝宝座椅”，最先在16路上。2011年10月宝宝座位调至司机座位后，为了安全及方便家长照顾。

2012-10-27，扬州佳家花园公交首末站：位于北环路、三星路交叉口，总用地面积3000平方米，总建筑面积345平方米，共有标准停车位13个，1条候车长廊。

2012-10-27， 扬州火车站停车场：位于西北绕城公路以西、宁启铁路以南，总用地面积1万平方米，总建筑面积1659平方米，其中办公、保养综合楼建筑面积1637平方米，共有标准停车位95个。为西区最大重要首末站，2011年开工。

2012-10—27，邗江槐泗停车场：位于槐泗镇西、菜场附近，总用地面积1万平方米，总建筑面积1650平方米，建有办公、保养综合楼，共有标准停车位45个，1条候车长廊。为城东北区域停车场，2011年开工建设。