在最近一個世紀的大部分時間裡面，考古學家一直在努力剖析古埃及人的真正身份。而在過去的幾個世紀裡面，沒有什麼比古埃及人的起源更具爭議性。遺傳學家Wurst及其同事於2023年底發佈了一項遺傳學研究，這進一步加劇這一研究領域的爭論和不同的雜音。衹是這項研究旨在研究全球木乃伊個體的疾病來源。在這裡，研究人員就這一研究報告中的個別aDNA樣本進行初步分析。

事實上，在古埃及金字塔出現之前，據說為躲避沙漠乾燥和水源不足，古埃及最早的定居者已經移居於尼羅河沿岸地區。而沿河的新石器時代定居點可追溯到大約6.4kya，這被稱之為“前王朝時期”:這些原始古埃及文化為我們今天所觀察到的法老創建的古埃及奠定物質和文化基礎。其中上埃及最早的尼羅河東岸的農業文化羣體被稱為拜達里文化的“Badarian”，這以20世紀20年代英國人的考古發掘的第一個考古學遺址所在的地區“el-Badari”命名:“Badarian”的定居點當時還是半定居形式，這可以通過其擁有的黑頂陶器上的波紋圖案來識別。 之後，緊隨著出現的是Neqada I羣體，這又分為三個發展階段:第一階段，Neqada I羣體與“Badarian”非常相似，只有一些細微的差別，比如墓葬方式的變化和更加獨特的陶製容器的產生。 而墓葬仍然是淺窄的坑，但是死者的墓穴具有更多珠寶和工藝品裝飾進行陪葬，另外入葬的陶器將不再是那麼屬於球形樣式，即更多為圓錐形外觀，並且這些陶器可能在Neqada I期間被著色；第二階段，更為精緻複雜的墓葬形式被引進，以及陶器和工具的更為廣泛性的出現變化，這可能是擁有數量最多的前王朝時期且被考古學發現遺址的地區；第三階段，進入埃及王朝的黎明時代，其標誌是文字和更加富裕階層的墓葬的出現。

基於qpAdm模型，研究員從前王朝時期(3600BCE)的上埃及(位于尼罗河畔且距离底比斯祇有40公里的)Gebelein的考古學墓葬，即攜帶33%至47%撒哈拉以南相關祖源的Neqada I的狩獵採集者AM14590的aDNA樣本數據中可以一窺東北非的古早過去的遺傳學演化進程。

分析表明，這個前王朝時期的aDNA樣本AM14590與舊石器時代和新石器時代早期的“摩洛哥人”相似，因為他們擁有與西歐亞人和撒哈拉以南非洲人隱約相關的基因圖譜或者遺傳概貌(genetic profile)。更重要的是，以上這些aDNA樣本，通常無法從任何現代撒哈拉以南和古西歐亞來源羣體的雙向混合建模中獲得具有統計學意義的結果:每個羣體的(祖源)百分比根據比對樣本或分析方法而異。儘管，這些北非aDNA樣本有時可以互換用作“本土”北非代表或者“測算的代替物”。不過，這兩個區域(西北非和東北非)羣體似乎更願意接受不同的祖源代表。比如，類似Taforalt這樣的西北非aDNA樣本可以用納吐夫文化羣體(Natufians)進行最顯著的建模；而屬於Naqada的西歐亞相關DNA的AM14590樣本則與新石器時代的“伊朗人”最為相似，即似乎來自“Belt Caves”之一的“Hotu Cave”出土的個體的aDNA樣本與這個前王朝時期的AM14590樣本攜帶的“非非洲”部分最為相似。儘管由於確定偏差，Hotu的aDNA樣本相對較低的SNP計數(SNP count)可能會產生較高的P值和祖源估算值，但是仍應注意該樣本對大部分前王朝時期的aDNA樣本祖源進行建模之時的壓倒性“偏好”。當使用Natufian和約魯巴人(Yoruba)來為Neqada I建模之時，儘管P值接近於零，但是相關祖源比率或多或少與舊石器時代和新石器時代早期“摩洛哥人”擁有的相關祖源比率相同。

雖然所有測試的雙向模型均未顯示超過0.01 或者1%概率的P值，但還是有一些能夠有效運作的三向模型:歐亞血統的來源相當嚴格，這需要一個類似西歐狩獵採集者(WHG)的次要來源和一個新石器時代的伊朗(農民)來源。而撒哈拉以南地區的血統來源雖然不那麼嚴格，即在百分比和可能性上面顯示出一些差異。衹是透過學術編程進行計算之時需要注意其中一些細微差別:作出這些預測之時，即使以降低統計顯著性為代價，所有aDNA樣本數據都有削弱撒哈拉以南血統的傾向。這是admixtools軟件包中提供的qpAdm software產生的“重要議題”。 然而，在更新的性能更快的工具幫助下，還能有所建樹；實際上，與來自伊朗的Ganj Dareh的aDNA樣本一起建模的AM14590 血統並始終顯示出伴隨著單一現代人羣的最大P值始終如一方則是來自現代喀麥隆的俾格米人之一的“Bakola hunter-gatherers”。 有趣的是，不僅在中非最西端的“Bakola hunter-gatherers”那裡取得重大突破性成果，其他在俾格米人諸如Mbuti pygmies、Aka pygmies和Bedzan那裡亦是如此不斷獲得分析資訊。 這有點令人驚訝，因為Mbuti業已被用作絕大多數aDNA研究的Outgroup;因此往往在與北非和歐亞大陸人羣相關遺傳學研究之時，其基因庫中捕獲到的大部分多樣性並未在這些研究中被充分考慮。這里需要關注的是，儘管隱藏最多前王朝時期AM14590類似祖源的是乍得的Laka和喀麥隆的Mada；但是他們是古埃及前王朝時期的血統的來源地可能性不出所料的十分低。這裡的情況似乎是，絕大多數前王朝血統已經滅絕，並且與沒有直接繼承其血統的人羣沒有直接關係，比如現代埃及人、科普特人和其他鄰近羣體。 此外，當研究人員考慮到實際最佳三向混合模型包括Ganj Dareh、Villabruna(來自西西里島的西歐狩獵採集者)和來自坦桑尼亞“Kisese rockshelter”的7.0kya期間的東非狩獵採集者來源之時，情況就變得更加明顯(實際最佳統計數據是透過類似於來自肯亞尼亞Nyarindi的Kisese II、Hotu和WHG/Villabruna建模獲取，不過，前兩個aDNA樣本都保留SNP計數的一小部分):這些東非狩獵採集者具有滅絕的基因概貌，即被建模為一個來自Ancient East African、Ancient South African和Ancient Central African相關血統的混合羣體。

為瞭解前王朝時期上埃及人羣的血統是如何傳承延續，研究人員計算東非人和從非洲以外收集的一些屬於古埃及木乃伊的aDNA樣本的潛在混合比率。不幸的是，所有王朝時期aDNA樣本的考古學遺址的資訊無法獲悉。 因此，衹能將這些標識保留為“未知”。至於其他樣本來源，其中包括古代和現代的努比亞人，以及索馬里人和古代肯尼亞人樣本，他們之前業已顯示出擁有高比率的與北非相關祖源的遺傳學證據。儘管無法在所有方面都能完全預測，但是結果並不太令人驚訝:首先，考慮到比如蘇丹的科普特人等的歷史和遺傳學特徵，可以預期他們攜帶的古早血統數值應該是最高；儘管他們的Y染色體單倍羣以宏觀譜係J為主。但是，他們的文化和遺傳學概貌應該與該地區的古老人羣有所關聯，並透過他們的內婚習俗得以保留。鑑於 NaqadaI羣體的常染色體結果表明，這些上埃及前王朝時期的羣體的父係宏觀單倍羣B的頻率或許也不應受到削弱。 總體趨勢而言，儘管來自東北非的現代個體表現出“反覆出現”前王朝時期血統的跡象，但是古埃及後來的aDNA樣本，特別是羅馬時代的樣本，顯示出更加稀釋的前王朝時期血統比率。這種變化令人震驚，因為在該地區的整個歷史時期之內，普通個體原本可能會保持相當高比率的本土成分(類似這種人口擴散導致替代可能性事件的現像也出現在西北非的新石器時代期間)。然而，托勒密時代的下埃及Fayum的aDNA樣本中本土成分似乎已經被某種近東來源所嚴重稀釋；他們本可能與更多生活在更南邊的土著並肩生活。

以上數據所反映的嚴酷事實並不令人意外，因為前王朝時期的上埃及人具有更多的撒哈拉以南血統，即使Neqada I的狩獵採集者AM14590代表的上埃及人普遍性攜帶宏觀Y染色體單倍羣B的相關演化分枝。但是基因測序的總覆蓋率極低，需要更多高品質aDNA樣本進行充分驗證。從古埃及中王國開始，之前研究報告所劇透的aDNA證據都顯示其遺傳學概貌與埃及科普特人的遺傳學結構相似，唯一的區別或許是所謂“尼羅河人”有所不同。

對於古埃及法老家族而言，其祖源和遺傳學構成與普通民眾大有不同，因為眾所周知，他們會與其他域外移民婚配(尤其是新王國晚期)。換言之，古埃及菁英階層即使往往與平民一樣有具有本地起源，但是菁英階層與域外女性聯姻的情況比平民更為常見。 比如，中王國早期的法老與努比亞人聯姻，以及新王國晚期的法老與黎凡特人、美索不達米亞人、安納托利亞人等聯姻。