2024年6月15日起，穗深城际列车不再前往广州东站，所有班次均改以新塘南站为广州一侧的总站。

同日起，广深城际列车也会增加停靠（国铁）新塘站的班次，以弥补因上述安排所造成的广州东站至新塘南站区段的列车服务空缺。来往广州东站和穗深城际各站的乘客可在新塘南站和相邻的新塘站之间换乘两线，惟换乘时需要出站步行至另一车站进站，同时重新购票和再次接受安检。

实际上，穗深城际本线的起点站即为新塘南站，但该站位于增城区新塘镇，距离广州中心城区较远，开通初期仅有地铁13号线接驳前往中心城区，故线路同步建设了联络线，让列车可以经广深线前往广州东站。