在漫长的地质尺度上，已经灭绝的物种，可以重新进化出来吗？
比如说，从寒武纪大爆发直到今天，显生宙已经过去了5.4亿年，那么再给地球5.4亿年，能不能重新进化出某种已经曾经灭绝过的物种，霸王龙、猛犸象、渡渡鸟什么的？

不可以，绝对不可以，别说5.4亿年，哪怕无是宇宙诞生到毁灭，哪怕是无限长的时间，都不可以，也只能进化出相似的物种，而不能进化出原来那个物种。
无论多么酷似纯元的女子，都不是纯元。

让我们，先来举一个极端的例子。

“阿尔达布拉环礁”（Aldabra，图1），世界第二大的环礁，位于马达加斯加岛的西北方。岛上没有任何掠食性的哺乳动物，于是在40万年前，有一群白喉秧鸡（Dryolimnas cuvieri，图2）飞到了岛上，进化成了一个不会飞的白喉秧鸡亚种。
但是在13万年前的更新世，全球海平面上涨，阿尔达布拉环礁被完全淹没了，这些白喉秧鸡不会飞，因此迅速灭绝了。
可是到了10万年前，全球海平面下降，这个岛又重新露出了海面，于是又有一群白喉秧鸡飞到了这个岛上，再次进化成了不会飞的白喉秧鸡亚种。
而从化石上看，这两波不会飞的白喉秧鸡一模一样，别无二致。
像这样，一个类群消失之后，它的祖先类群又再进化出一个极端酷似的类群，称为“重复进化”（iterative evolution，有些装腔作势的人会把它翻译成“迭代演化”），是进化史上相当罕见的事情。

那么，重点来了：
重复进化，意味着一个物种（亚种）灭绝之后，可以重新进化出来吗？比如说，我们可以把这两波不会飞的白喉秧鸡，看作同一个亚种吗？

当然不能。
人们总会觉得，生物分类学上的各种“类群”，界、门、纲、目、科、属、种，还有亚种什么的，是描述了一种“越来越像”的关系，物种就是一样，亚种就是更一样。
这就大错特错了。要在生物学上的类群，与形态没有任何必然关系，因为形态上的“像”，一定会掺杂人类的主观臆断，而科学的首要任务就是消除主观臆断。最终能够作为类群标准的，只有一个：进化上的亲缘关系。
更具体的，一个合格的生物类群必须是“单系群”，必须包括了所有成员的至少一个共同祖先，并且包括了所有成员的所有后代。
比如图3是一棵虚拟的“进化树”，竖线上任取一点都代表进化史上的某个世代。那么，蓝框、浅绿框和深红框，就都是典型的单系群。
*深绿框虽然包含了所有成员的共同祖先，却遗漏了一支后代，这样的类群叫做“并系群”。比如恐龙如果不包含鸟类，就会成为并系群了。

那么回到“重复进化”上。
13万年前那些不会飞的白喉秧鸡，相当于左边靠上一些的深红框，是一个单系群。今天不会飞的白喉秧鸡，相当于左边靠下一些的神红框，也是一个单系群。
而如果要把这它们视为一个亚种，就相当于建立一个浅红框的类群，而这个类群显然没有包括任何的共同祖先，也就是会飞的白喉秧鸡，那个黄色框。
像这样包含了所有后代，却不包含任何共同祖先的类群，称为“多系群”，是分类学上最不可接受的东西，我们不可以这样做。

反过来，如果要把两波不会飞的白喉秧鸡归为一个合格的“亚种”，就必须把黄色框也合并进来。但这样一来，这个亚种就从来没有“灭绝”过，又谈何“重新”进化出来呢？

亚种是这样，物种当然也是这样，任何分类单位都一样。
亚种或许还有重复进化的可能，但更高的分类层级就连重复进化的可能性都不存在了，就只有“中生代的鱼龙非常类似新生代的海豚”这样的“趋同进化”了。