什叶派和逊尼派之间的矛盾始于穆圣的女婿阿里被刺杀。很多人认为，什叶派主张按照血统继承制，而逊尼派主张按照游牧民族的推举继承制。如果这个矛盾真的这么简单就好了。

取代了穆圣家族的穆阿维叶确实是打着不要世袭制而是推举制的旗号上台的，穆圣家族也一度接受了这种说法。但是穆阿维叶后来又要把大位传给自己的儿子。穆圣家族就不干了：怎么我们继承哈里发就是不够皿煮，你却打着皿煮的旗号搞世袭？

于是穆圣的外孙在母亲的激励下起兵讨伐老谋深算的穆阿维叶，结果全军覆没，兵败被杀。穆圣这一支血脉就这么没了。是不是有点像曹髦起兵被司马昭家臣弑杀的感觉？

当时很多阿拉伯人就是因为这个，就相对同情穆圣一家的遭遇，这就是什叶派出现的源头。

而且穆圣的女婿阿里的命运也非常令人唏嘘。阿里就任第四任哈里发时，整个国家由于扩张太快，处于分裂的危机中。阿里上台后迁都到伊拉克的库法，学习波斯人的政治文化，任用一些波斯人进入官僚体系，开始搞改革，导致了一些古老家族的贵族的反对，尤其是伍麦叶家族。这些贵族就开始反叛阿里，后来叙利亚总督、伍麦叶家族的穆阿维叶也起兵反叛阿里。

作为在任哈里发的阿里，在军事上节节胜利的情况下，十分大度的接受了穆阿维叶的和谈请求。然后阿里这边派出的谈判代表居然答应了对方重新选举哈里发的条件，阿里莫名其妙的在政治上陷入被动。也就是说阿里本来处处占优势，却被底下的这帮人给耍了。不久以后，阿里被刺客用带毒的剑刺杀而死。

很多人同情穆圣这一家，喜欢阿里的豪爽的为人。在早期的什叶派看来，阿里跟穆阿维叶的区别，有点类似于项羽和刘邦。他们觉得穆阿维叶赢了天下，但赢得不光彩；阿里虽然输了，但这个人光明磊落。这种喜爱更多的出于对这两个人的人格魅力的认识，如果说政治能力，顺风局翻盘的阿里当然不是穆阿维叶的对手。但民间情绪就是这样的。

也是因为有这段历史，什叶派从一开始就是有点悲情的意味，就是有那种“老实人被欺负了”的悲情。所以什叶派不同于逊尼派，什叶派会把一些历史人物当成圣人去崇拜，他们就会把一些悲情英雄神话了，比如阿里。这种情节又有点类似我们对岳飞这种悲剧英雄的崇拜一样。

但是根据穆圣的教义，又不应该有偶像崇拜存在，崇拜英雄或圣人也当然不被允许。于是逊尼派在这一点上就没法跟什叶派达成共识。逊尼派认为不该把这些世俗纷争掺和到教义里。两派愈行愈远，什叶派的悲情色彩也越来越浓，甚至有传言说悲情的阿里才是先知，搞的阿里几乎比穆圣地位更高。我们现在会发现，伊朗到处挂着精神领袖的头像，这就是什叶派的特征。在逊尼派看来，挂画像这就是搞偶像崇拜，是对穆圣路线的背叛。但什叶派也会觉得，说什么背叛穆圣路线啊，你们这帮家伙都把穆圣家族给灭门了。

而什叶派这种崇拜悲剧英雄的特点，就很容易被亡国的不甘心的波斯人接受了。波斯人被阿拉伯统治以后，一直怀念故国，他们又不甘心被当时在文化上逊于自己的阿拉伯人统治，就投向了少数教派的什叶派，以此与阿拉伯帝国的主流保持距离。

而因为是阿里迁都到了伊拉克，伊拉克也成了什叶派圣地集中的一个地方。