面对复杂系统，人类常用的另一个方法是把复杂问题层层分解，切割成微小的碎片，对碎片进行深入的分析，进而推断出整体的情况。这就是自古希腊以来盛行的还原论哲学（Reductionism）。但是，在这种切割过程中，系统最微妙的部分，即各部分之间紧密的联系与交互的作用也被摧毁了。传统的还原论面对复杂系统无能为力，因为这种哲学思想试图把复杂的系统还原分解成简单的基本单元而进行分析。而把所有事物简化成简单的基本定律的能力并不意味着能从这些定律出发重构宇宙。与之相反，在复杂性的每个层次中，都涌现出了全新的性质，要理解这些新的行为就需要新的科学研究。