亚里士多德的《物理学》既从理论上总结了“自然的发明”的第一方面，也实现了其第二方面，即划定了一个特殊的存在者领域，自然物的领域。由于这个特殊的存在者领域的划定，使得“自然”不再是一切存在者的“本质”，而只是“自然物”这种特殊存在者的“本质”。

“自然物”是如何被划定的呢？亚里士多德意识到，作为“自然物”之“本质”的“自然”不能充当“自然物”之为“自然物”的划定原则，否则就是循环定义（自然由自然物规定，自然物由自然规定）。“自然物”这种存在者的领域是通过“制作物”的对比而被划定的。在这个过程中，“内在性”再次自我分裂。上一次是“事物自身”与“事物”分裂，是事物的世界之外另有一个理据的世界。这一次是“根据”的分裂：内在根据与外在根据。拥有内在根据的事物为“自然物”，拥有外在根据的事物为“制作物”。由此，自然物集合成“自然界”。

亚里士多德在《物理学》第二卷第一章的开头写道：“凡存在的事物有的是由于自然而存在，有的则是由于别的原因而存在。'由于自然 '而存在的有动物及其各部分、植物，还有简单的物体（土、火、气、水），因为这些事物以及诸如此类的事物，我们说它们的存在是由于自然的。所有上述事物都明显地和那些不是自然构成的事物有分别。”这段话清楚地表述了“自然”作为“自然物”的本质，以及自然物作为特定的存在者与非自然物的区别。

与自然物相区别的是像床、桌子、衣服、塑像、车船、房屋这样的“制作物”。它们的区别何在？前者是由自己的种子靠着自己的力量生长出来的，而后者没有自己的种子，也不能靠自己的力量生长出来。一张木头做的床不可能成为一张床的种子，自动生长出一张床来，尽管反过来的情形是可能的：种下一张床有可能长成一棵树来。使床成为床的那个东西，不在床自身，而在床的外部。树则相反，在自身内部拥有使自己如此这般的“根据”。

所以亚里士多德说，有些存在者在自身中并不保有其运动的根源，而有些存在者自身保有运动的根源，前者被称为“制作物”，后者被称为“自然物”。自然物的本质是内在的，制作物的本质是外在的。作为“自然物”的“本质”的“自然”，进一步深化了“自主性原则”和“内在性原则”。

“内在性”的第二次分裂以第一次分裂为前提，作为自然物的本质的自然，以作为本质的自然为前提。前面引用的亚里士多德《物理学》第二卷第一章开头已经表明了“本质”概念的一种先行运作：生长物与制作物的区别在于它们的“根据”不同，但生长物作为生长物，以及制作物作为制作物，都是受“根据”所制约的，都是由于“根据”而“存在”的。生长物的“根据”是“自然”（physis），而制作物的“根据”是“技艺”（techne）。自然与技艺的根本不同在于，自然作为根据是内在的，是根植于生长物之中的，而技艺作为根据是外在的，不在制作物之中。生长物的根据是内在根据，制作物的根据是外在根据。

“自然物”这个存在者领域被开辟出来，并且是如此特定的方式，造就了“自然”的某种优先地位：在所有通过追寻“根据”“理据”从而把握存在者之存在的“理性”事业中，追寻“自然”即自然物的“本质”和“根据”的事业占据了一个突出的和优先的地位。西方哲学始终与西方科学纠缠在一起，哲学始终或隐或显地以科学为参照系，形而上学始终追随物理学，其原因盖出于此。

“自然”由“自主生长”“自我涌现”这种希腊人最初的存在领悟，到蜕变为“本质”“本性”和“根据”，再蜕变为“自然物”的“本质”和“根据”，贯穿始终的是“内在性”原则以及“内在性”的自我分裂。“自然的发明”实乃内在性的发明。希腊的学术首先活跃在这个内在性的领域之中，并且以揭示这个领域为最高目标。“自然的发明”的意义首先并不在于开辟了一个被称为“自然”的事物领域，而在于制定了一个学术发展的方向，即对内在性的探求。希腊人崇尚自由，盖因他们眼中的世界原本就是一个内在性的世界，一个自主、自持、自足的世界，理性就由这块内在性的园地中生长出来。所谓内在性原则就是自由的原则。

——吴国盛《什么是科学》